داستان در خصوص تلاش‌های قهرمانانهٔ سازمان نهان‌جاندارشناسی «مونارک» است که اعضایش با تنش و درگیری میان هیولاهای غول‌پیکر (کایجوها) مواجه می‌شوند، از جمله گودزیلای قدرتمند که با ماترا، رودان، و حریف نهایی‌اش، گیدورا شاه سه سر روبرو می‌شود. هنگامی که این ابرموجودات باستانی – که گمان می‌شد افسانه هستند – دوباره ظاهر می‌شوند، همگی برای برتری رقابت می‌کنند.