در سال ۱۹۹۲ تقریباً ده سال پس از وقایع مردان ایکس: آپوکالیپس، مردان ایکس قهرمانان ملی هستند که دائماً به ماموریت‌های خطرناک می‌روند. هنگامی که یک اشعه خورشیدی در طول یک مأموریت نجات در فضا با آنها برخورد می‌کند جین گری کنترل توانایی‌هایش را از دست می‌دهد و ققنوس را آزاد می‌کند. حالا مردان ایکس باید تصمیم بگیرند که جان یکی از هم تیمی هایشان بیشتر از بشریت اهمیت دارد یا خیر.