داستان این فیلم درباره ی خارپشتی با سرعت مافوق صوتی به نام سانیک است، که در سیاره ی خود زندگی میکرد که در بچگی توسط جغدی به نام Longsclaw نجات پیدا میکند و با استفاده از حلقه های طلایی پرتال که او را از جهانی به جهانی دیگر منتقل میکند خود را به زمین میفرستد و تصمیم میگیرد که در آنجا به زندگی خود ادامه دهد اما سرعت بالای او که باعث جریان انرژی مغناطیسی و برق میشود باعث قطع شدن برق و انرژی در ایالات متحده میشود و برای همین سران ارتش و دولت جلسه ای برای رفع این مشکل برگزار میکنند که این ماجرا شخصی به نام دکتر ایوو رباتنیک که دانشمندی فوق هوشمند در زمینه ی ساخت ربات و سلاح های هوشمند است خود را وارد این ماجرا کرده و تصمیم میگیرد که مشکل را حل کند و دولت هم نظامیان و ارتش را در اختیار او قرار میدهند، اما هدف دکتر رباتنیک دست یافتن به قدرت سونیک برای تسلط یافتن بر کل جهان است. و در این هنگام وقتی سونیک متوجه میشود که دکتر رباتنیک در پی او است با کمک پلیسی شهری به نام تام واچوفسکی که در گرین هیلز است و سونیک او را از حیله ی دکتر رباتنیک آگاه میکند و تام تصمیم میگیرد که به سونیک کمک کند و جلوی حیله و نقشه ی شیطانی دکتر رباتنیک را بگیرد.